Godzilla Minus Zero, İkinci Dünya Savaşı'nın ardından yeniden ayağa kalkmaya çalışan Japonya'nın, Godzilla'nın geri dönüşüyle bir kez daha büyük bir felaketin eşiğine sürüklenmesini konu ediyor. Savaşın yıkıcı etkilerini henüz geride bırakamayan ülke, devasa yaratığın neden olduğu kayıpların ardından toparlanmak için mücadele eder. Yıkılan şehirler yeniden inşa edilirken hayatta kalan insanlar da geçmişin acılarıyla başa çıkmaya ve kendilerine yeni bir yaşam kurmaya çalışır. Ancak büyük fedakarlıklarla sağlanan huzur, iki yıl sonra ortaya çıkan yeni bir tehditle yeniden sarsılır.
Hikaye, 1949 yılında, Godzilla'nın önceki saldırısından sağ kurtulan eski kamikaze pilotu Koichi Shikishima ve ailesinin etrafında şekillenir. Savaşın ve Godzilla'nın bıraktığı psikolojik izlerle yaşamayı sürdüren Koichi, Noriko ve Akiko ile birlikte daha güvenli bir gelecek kurmanın yollarını arar. Yaşadıkları kayıplara rağmen yeniden bir arada olmayı başaran aile, geçmişte verdikleri mücadelenin artık sona erdiğini düşünür. Fakat Godzilla'nın tamamen yok edilmediğinin anlaşılması, hem Shikishima ailesini hem de bütün Japonya'yı yeni bir belirsizliğin içine sürükler.
Yaratığın yeniden ortaya çıkma ihtimali, daha önce Godzilla'ya karşı mücadele eden insanları da harekete geçirir. Koichi'nin eski yol arkadaşlarından Kenji Noda, Afet Müdahale Bürosu'nun başındaki göreviyle yaklaşan tehlikeye karşı hazırlık yaparken Shiro Mizushima, Seiji Akitsu ve diğerleri de yeni mücadelede önemli sorumluluklar üstlenir. Bu kez karşılarındaki tehdit, yalnızca şehirleri yıkabilecek devasa bir yaratık değildir. Ülkenin yeniden kazanmaya başladığı güven duygusu ve insanların geleceğe dair umutları da tehlike altındadır.
Afet Müdahale Bürosu'nda görev yapan hava tahmin uzmanı Makoto Aoyama ve savaşın ağır izlerini taşıyan biyolog Kanji Murakami, yaklaşan felaketin anlaşılmasında önemli roller üstlenir. Farklı uzmanlık alanlarından insanların bir araya gelmesiyle Godzilla'ya karşı yeni bir mücadele başlar. Ancak geçmişte işe yarayan yöntemlerin bu kez yeterli olup olmayacağı belirsizdir. Tehdidin boyutları giderek ortaya çıkarken bilimsel araştırmalar, alınan önlemler ve insanların hayatta kalma çabaları birbirine bağlanır.
Koichi için bu mücadele, yalnızca ülkesini savunmakla sınırlı değildir. Geçmişte yaşadığı korkularla yeniden yüzleşmek zorunda kalan genç adam, ailesini koruma isteği ile yaklaşan felakete karşı sorumlulukları arasında kalır. Noriko da yeniden kurmaya çalıştıkları hayatın bir kez daha yıkılma ihtimaliyle karşı karşıya gelir. Savaşın ardından hayatta kalmayı başaran insanlar, şimdi aynı yıkımın tekrarlanmasını önlemek için birlikte hareket etmek zorundadır.
Godzilla Minus Zero, savaş sonrası Japonya'nın yeniden doğuş mücadelesini, aile bağlarını ve insanlığın kontrol edemediği büyük bir tehdide karşı verdiği savaşı merkezine alıyor. Geçmişin travmalarıyla yaşamayı öğrenen karakterler, bu kez yalnızca hayatta kalmak için değil, yeniden kurdukları dünyayı korumak için de mücadele ediyor.
